Par Dhia Bouktila
Professeur à l’Université de Monastir, chercheur en génomique agricole et environnementale, spécialisé dans les enjeux de souveraineté biologique et de gouvernance des savoirs.
Le 12 mai, célébré comme la Journée internationale de la santé des végétaux sous l’égide de l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), offre bien plus qu’une opportunité de sensibilisation. Il constitue un moment de lucidité collective : celui de reconnaître que la santé des plantes n’est pas un enjeu sectoriel, mais un déterminant fondamental de la sécurité alimentaire, de la stabilité économique et de l’équilibre écologique. Dans un contexte marqué par l’intensification des stress climatiques, la dégradation des sols et la circulation accrue des agents pathogènes, la question n’est plus de savoir si nos systèmes agricoles doivent évoluer, mais à quelle vitesse et par quels leviers.
La santé des plantes : une question systémique (One Health)
Les plantes sont à la base de 80 % de l’alimentation humaine et constituent le socle des chaînes trophiques terrestres. Pourtant, selon la FAO, jusqu’à 40 % des cultures mondiales sont perdues chaque année en raison de ravageurs et de maladies. Cette vulnérabilité structurelle est aujourd’hui exacerbée par le changement climatique, qui modifie la distribution géographique des pathogènes et fragilise les équilibres écologiques.
Dans ce contexte, la santé des plantes ne peut plus être pensée isolément. Elle s’inscrit dans une vision intégrée que formalise le concept de One Health, selon lequel la santé humaine, animale et environnementale sont interdépendantes. Une plante malade n’est pas seulement une perte agricole : elle peut entraîner des déséquilibres nutritionnels, favoriser l’usage excessif de pesticides, altérer les écosystèmes et, in fine, impacter la santé humaine.
Tunisie : une pression phytosanitaire croissante aux impacts économiques majeurs
En Tunisie, la santé des plantes est aujourd’hui fortement mise à l’épreuve par la montée de plusieurs maladies et bioagresseurs aux conséquences économiques majeures. Parmi les plus préoccupants figurent les maladies fongiques telles que la septoriose et la rouille des céréales, qui affectent significativement les rendements du blé dur, culture stratégique pour la sécurité alimentaire nationale. Les vergers fruitiers sont également touchés par des pathologies virales et bactériennes, notamment dans les agrumes et les oliviers, où la propagation de certains agents pathogènes contribue à une baisse progressive de productivité et à une fragilisation du patrimoine arboricole. À cela s’ajoutent les attaques d’insectes ravageurs et l’émergence de nouveaux stress biotiques et abiotiques liés aux changements climatiques, accentuant les pertes post-récolte et les coûts de protection phytosanitaire.
La situation est devenue encore plus préoccupante avec l’émergence récente de bioagresseurs à fort impact économique et patrimonial. La cochenille du cactus (Dactylopius opuntiae) a ainsi provoqué, en quelques années, des dégâts majeurs sur le figuier de Barbarie, culture emblématique des zones arides tunisiennes. Selon des données relayées par le ministère de l’Agriculture, plusieurs milliers d’hectares ont été affectés dans certaines régions du Centre et du Sahel, menaçant à la fois les revenus agricoles, les fonctions écologiques de cette culture et un patrimoine végétal traditionnel fortement lié aux territoires ruraux. Dans le même temps, la bactérie Xylella fastidiosa, responsable du dépérissement massif des oliviers dans le sud de l’Italie, constitue une menace phytosanitaire majeure pour l’ensemble du bassin méditerranéen, y compris pour la Tunisie, dont l’économie oléicole représente un enjeu stratégique national. À cela s’ajoute un problème plus discret mais croissant : l’apparition d’adventices des céréales devenant progressivement résistantes à certains herbicides, compliquant la gestion des cultures et augmentant les coûts de production.
Cette situation appelle un renforcement urgent des dispositifs de recherche, de surveillance phytosanitaire et de développement de solutions innovantes fondées sur une compréhension fine des interactions plante–pathogène.
Vers une agriculture de précision écologique
L’intégration du concept One Health dans les politiques agricoles ouvre la voie à une agriculture de précision écologique, où la santé des plantes devient un indicateur central de la résilience des agroécosystèmes. Celle-ci correspond à un état d’équilibre dynamique dans lequel interagissent la plante, son microbiome, son environnement et l’ensemble des pressions biotiques et abiotiques. Chaque décision agronomique (du choix variétal à la gestion phytosanitaire) doit ainsi s’appuyer sur une compréhension fine des interactions entre organismes et milieux.
Ainsi, la génomique s’impose comme un langage intégrateur, reliant la plante à son environnement et à son interactome, en articulant les niveaux moléculaire, physiologique et écologique. Elle permet de rendre la santé des plantes à la fois mesurable, explicable et prédictible, ouvrant la voie à une agriculture capable non seulement de répondre aux crises, mais de les anticiper.
La génomique agricole : un changement de paradigme
Face à ces défis, la génomique végétale représente une révolution silencieuse mais décisive. En permettant le décryptage fin des génomes, l’identification des gènes d’intérêt et la compréhension des mécanismes moléculaires de résistance, elle offre des leviers puissants pour transformer les systèmes agricoles.
Contrairement aux approches traditionnelles de sélection variétale, longues et souvent empiriques, les outils omiques (génomique, transcriptomique, épigénomique) permettent aujourd’hui :
- d’identifier rapidement des variants génétiques associés à la tolérance au stress (sécheresse, salinité, chaleur) ;
- de caractériser les interactions plante–pathogène à l’échelle moléculaire ;
- d’accélérer la création de variétés résilientes grâce à la sélection assistée par marqueurs ou à l’édition génomique, permettant d’améliorer plus précisément et plus rapidement les caractères d’intérêt agronomique.
Cette transition vers une agriculture fondée sur la connaissance du vivant marque un basculement majeur : la protection des cultures n’est plus uniquement corrective, elle devient désormais anticipative et systémique. Dans cette perspective, les outils de la génomique, de la transcriptomique, de l’épigénomique et de la métabolomique ne se réduisent plus à de simples technologies d’analyse, mais s’imposent comme de véritables instruments de lecture du vivant, capables de révéler les mécanismes profonds de résistance, de vulnérabilité et d’adaptation des plantes.
Tunisie : dépendre ou comprendre ?
Pour des pays comme la Tunisie, fortement exposés aux aléas climatiques et aux pressions sur les ressources hydriques, l’intégration de la génomique dans les politiques agricoles n’est pas un luxe scientifique, mais une nécessité stratégique.
La dépendance aux variétés importées, souvent mal adaptées aux conditions locales, expose les systèmes agricoles à des risques accrus. À l’inverse, investir dans la caractérisation génétique des ressources locales (qu’il s’agisse de variétés traditionnelles ou de biodiversité sauvage) permet de valoriser un patrimoine génétique stratégique et d’inscrire l’innovation dans les dynamiques agroécologiques nationales.
Il s’agit là d’un enjeu de souveraineté biologique, au même titre que la souveraineté alimentaire.
Réinventer la recherche : du savoir académique à l’impact agricole
Ce changement de paradigme appelle également une transformation profonde du rôle de l’université et des institutions de recherche. Trop souvent, la production scientifique reste déconnectée des dynamiques économiques et des besoins des territoires.
La gouvernance universitaire doit se transformer pour accompagner cette évolution, en plaçant l’impact sociétal au même niveau d’exigence que l’excellence académique. Produire des publications ne suffit plus. L’université doit désormais assumer un rôle actif dans la transformation des systèmes agricoles. Cette réorientation appelle trois changements majeurs :
- un ancrage territorial fort, alignant la recherche sur les défis locaux.
- une interdisciplinarité réelle, intégrant biologie, agronomie, data science et sciences sociales ;
- des partenariats structurés entre les universités, les institutions de recherche et les services agricoles afin de renforcer le transfert technologique vers les filières de production.
La question n’est plus seulement l’excellence académique. Elle est désormais : quel impact réel sur les systèmes agricoles ?
De la valorisation extractive à la biologie fonctionnelle: comprendre avant d’extraire
Dans ce contexte, il devient également nécessaire que la recherche dépasse une approche de valorisation strictement extractive, limitée à l’exploitation industrielle ou commerciale des bioressources, sans compréhension approfondie de leur organisation biologique ni de leurs mécanismes fonctionnels.
Une telle valorisation, en l’absence d’un ancrage dans les connaissances issues des sciences omiques, reste limitée et sous-optimale. Les approches de génomique, de transcriptomique et de métabolomique permettent en effet de mettre en évidence les déterminants fonctionnels du vivant et d’identifier les leviers réels de performance, de résilience et de qualité biologique.
Dès lors, la véritable transformation ne réside pas uniquement dans l’exploitation des ressources biologiques, mais dans la capacité à en modifier, orienter et optimiser le fonctionnement. L’enjeu contemporain de la recherche biotechnologique n’est plus seulement de valoriser le vivant tel qu’il est, mais de comprendre suffisamment son architecture pour en reconfigurer intelligemment les performances au service des systèmes agricoles et environnementaux.
Conclusion : investir dans l’intelligence du vivant
À l’heure où les crises se multiplient (climatique, alimentaire, sanitaire, etc.), la santé des plantes apparaît comme un point de convergence stratégique. Elle nous rappelle une évidence souvent négligée : la résilience de nos sociétés dépend de celle de nos écosystèmes.
Investir dans la génomique végétale, c’est investir dans l’intelligence du vivant. C’est passer d’une agriculture subie à une agriculture maîtrisée, d’une logique de réaction à une logique de prévoyance.
Sources scientifiques et institutionnelles
- Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). The State of Food and Agriculture. (Donnée clé : pertes de 20–40 % des cultures dues aux ravageurs et maladies). [https://www.fao.org]
- FAO (2020). International Year of Plant Health – Protecting plants, protecting life. [https://www.fao.org/plant-health-2020].
- Organisation mondiale de la santé (WHO) et partenaires. (Concept One Health). [https://www.who.int/health-topics/one-health]
- Varshney RK et al. (2021). Designing future crops: genomics-assisted breeding comes of age. Trends in Plant Science [https://doi.org/10.1016/j.tplants.2021.03.010]
- Hickey LT et al. (2019). Breeding crops to feed 10 billion. Nature Biotechnology [https://doi.org/10.1038/s41587-019-0152-9]
